Shippuuden - Time Jump A Shippuuden, vagy angolul Time Jump időugrást jelent. A Naruto második és az első szériája között két év telik, így a Shippuuden eipzódjaiban már a karakterek idősebbek, s egyúttal érettebbek lesznek. A Shippuden-ben sok minden változik az első évadhoz képest, ha csak a karaktereket nézzük is. A cél itt nem más, mint Sasuke visszaszerzése, s az Akatsuki tervének megakadályozása. Sasuke a Shippuuden előtt Orochimaru mellé áll, hogy erősebbé váljon. Két évig mellette gyakorol. Ezalatt az idő alatt Sasuke erősebbé, s depressziósabbá válik. Már az egykori barátaira sem emlékszik teljesen, ellenségként tekint rájuk. Naruto, Sakura és legújabb csapattársuk, Sai, akit az Uchiha fiú helyére tettek, küzdenek Sasuke-ért. A Shippuuden-ben számos új karakter feltűnik, mintpéldául Deidara, Sai és Karin is.

és Karin is.